国家建筑工程技术研究中心依托于中国建筑科学研究院有限公司,按建筑行业专业技术领域设立10个研究部:建筑结构研究部、建筑材料研究部、地基基础研究部、建筑节能研究部、建筑质量评估研究部、工程软件与信息化研究部、绿色健康建筑研究部、建筑防火研究部、城市更新研究部、公共设施研究部;按照地域设立4个分中心:工程机械分中心、湾区研究院、环渤海研究院、岭南建筑研究院。由依托单位负责领导,由本领域相关学科带头人担任中心主任;成立管理委员会,作为中心内部最高管理决策机构;设置技术委员会,作为中心的学术领导机构;设置4个管理部门,对中心实施日常管理。